Similarities Found in Genomes Across Multiple Species

[Determinist]

ScienceDaily (July 11, 2011)
By mapping various genomes onto an X-Y axis, a team comprised mostly of Kansas State University researchers
has found that Charles Darwin and a fruit fly -- among other organisms -- have a lot in common genetically.


http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 113450.htm

Because chromosomes are the genetic building blocks for an organism and its traits, the information will be beneficial
to understanding the core components of biological evolution -- especially in genetics and genome evolution,
said Jianming Yu, associate professor of agronomy at Kansas State University.
With this data, scientists can now better predict the evolutionary adaptations of an organism.

[CreationRules]

Nou zeg, ik heb een hele tekst ingetypt hier als reactie maar hij is weg? Hoe kan dat nou?
Misschien kan een moderator zien wat er mis is?
Ik hoop dat de tekst er nog is, anders moet ik weer opnieuw alles intypen.

[MODFlight]

Nou zeg, ik heb een hele tekst ingetypt hier als reactie maar hij is weg? Hoe kan dat nou?
Misschien kan een moderator zien wat er mis is?
Ik hoop dat de tekst er nog is, anders moet ik weer opnieuw alles intypen.

Ik heb even gekeken wat ik als moderator kan doen...helaas is dat, in dit geval, niets. Wellicht dat de beheerder, die meer bevoegdheden heeft, wel iets voor je kan betekenen?

[carelvanheugten]

Nou zeg, ik heb een hele tekst ingetypt hier als reactie maar hij is weg? Hoe kan dat nou?
Misschien kan een moderator zien wat er mis is?
Ik hoop dat de tekst er nog is, anders moet ik weer opnieuw alles intypen.

Dit is nieuw, heb ik nog niet eerder meegemaakt. Tip: als je een post plaatst, vooral als het een lange is, selecteer eerst de hele tekst en kopieer die. Mocht het dan fout gaan dan kun je de tekst gewoon opnieuw maken door te pasten. Ik doe dat altijd als ik een lel van een tekst maak. Maar met deze forumsoftware heb ik het nog niet nodig gehad.

Helaas, ook een beheerder kan een verdwenen tekst niet revitaliseren. Laat me weten als er weer iets mis gaat CreationRules. Ik hou het in de gaten OK?

Tissneu

de Beheerder

[FonsV]

Dag CreationRules,

misschien een tip voor je: tik je tekst in Word Office (of iets van die aard) en hevel hem daarna over naar het forum. Als er dan iets mis gaat heb je de tekst nog.

Succes en groeten.

Fons.

[Juda]

ja, das idd balen...

[CreationRules]

Nou, ik kom er dus achter dat ik geen links in mijn tekst mag plaatsen.

Dus ik zal mijn reactie nogmaals typen.

Het berichtje van Determinist zou eigenlijk geplaatst moeten worden bij Creatie nieuws in plaats van Evolutie nieuws.

Het is toch duidelijk dat het nieuwsbericht helemaal geen positief verhaal voor evolutie is. Er zit een patroon in het DNA en alles wijst op een vast basis ontwerp. Dieren volgen blijkbaar een patroon in hoe ze van elkaar verschillen. Een aanpassing aan een basis princiepe.

Evolutie zou zo niet kunnen werken, want hoe weet evolutie welk patroon gevolgd moet worden? Je zou juist verwachten dat bij evolutie je verschillende patronen in DNA ziet bij verschillende levens vormen en dat deze niet volgens de lijn uit het bericht zou lopen. Nee, het laat juist zien dat in de basis hetzelfde ontwerp is gebruikt en daar wordt variatie op toegepast.

En om dit nog sterker te maken heb ik een link naar een ander artikel uit dezelfde website die aangeeft dat het basis ontwerp er echt zit. Dat dieren al de functies hebben, maar waarbij deze nog niet zijn ingeschakeld. Waarom zou een vis bijvoorbeeld al de genen van poten hebben als vinnen genoeg zijn? Evolutie kijkt toch niet in de toekomst? Dat bijvoorbeeld vissen van te voren genen hebben om later poten te hebben? Dat is toch onzin?

Nee, het laat duidelijk zien dat er een basis ontwerp zit, de genen voor poten zijn vooraf geprogrammeerd om later uit te laten komen. Daarom hebben vissen al dna voor poten zonder dat ze het nu gebruiken.

Ik probeer hier even de link te plaatsen:

Code: Selecteer alles

sciencedaily.com/releases/2011/07/110711151453.htm

je moet er dus weeweewee voor zetten

[Dirk]

Hoi CreationRules,

Welkom op het forum! Je naam laat in ieder weinig aan duidelijkheid te wensen over…

Je post is daarentegen een stuk minder duidelijk. Je gaat niet echt inhoudelijk in op het stuk van Determinist, dat over chromosoom-grootte gaat, maar hebt het over "patronen", "basisontwerp" en "aanpassing" zonder precies te definiëren wat je nu precies onder deze termen verstaat, en hoe ze zich verhouden tot binnen de wetenschap gebruikelijke termen als "homologie", "gezamenlijke voorouder", "evolutie" of "natuurlijke selectie". Daardoor is het voor mij moeilijk goed te reageren op je stuk, maar ik zal het toch proberen. Het zou echter helpen als je de door jou gebruikte termen beter zou kunnen definiëren.

Het berichtje van Determinist zou eigenlijk geplaatst moeten worden bij Creatie nieuws in plaats van Evolutie nieuws.
Het is toch duidelijk dat het nieuwsbericht helemaal geen positief verhaal voor evolutie is.

Zelf denken de onderzoekers daar blijkbaar in ieder geval heel anders over…

Er zit een patroon in het DNA en alles wijst op een vast basis ontwerp.

Ten eerste, wat is een "vast basisontwerp"? Kun je daar eens een definitie van geven? En ten tweede, een patroon an sich wijst niet op ontwerp. Kijk hier maar eens naar:
klik op mij
en op mij
Dus het is helemaal niet zo dat "alles" op een "vast basisontwerp" duidt. En in tegenstelling tot wat je misschien denkt kan ook evolutie resulteren in overeenkomsten tussen diersoorten doordat verschillende diersoorten een gezamenlijke voorouder hebben en daardoor beide kenmerken hebben die in die voorouder aanwezig waren. Een andere mogelijkheid is convergente evolutie, waarbij evolutie van verschillende diersoorten in een zelfde soort omgeving toch tot een zelfde soort oplossing leidt.

Dieren volgen blijkbaar een patroon in hoe ze van elkaar verschillen.

Er zit wel een patroon in hoe dieren van elkaar verschillen, maar het is niet zo dat ze een patroon "volgen" (het is voor mij eerlijk gezegd niet helemaal duidelijk wat je hier met volgen bedoelt). Nee, het patroon is juist een gevolg van evolutionaire processen. Hier blijkt weer dat het belangrijk is om heel zorgvuldig te formuleren. Zoals ik hier boven al liet zien is het voorkomen van een patroon an sich niet voldoende voor ontwerp, en zaken als overeenkomsten in chromosoomgrootte binnen eukaryoten zijn geen enkel problem voor de evolutietheorie en juist een bevestiging voor common descent.

Een aanpassing aan een basis princiepe.

Hier blijkt weer dat zorgvuldig formuleren belangrijk is. Wat versta je onder een "aanpassing" en wat is een "basisprincipe"? Is een "aanpassing" natuurlijke selectie, een mutatie of iets anders? Is een "basisprincipe" een LUCA (Last Universal Common Ancestor) of meer iets creationistisch als een "baramin" (waarvoor overigens ook geen duidelijke definitie bestaat)?

Evolutie zou zo niet kunnen werken, want hoe weet evolutie welk patroon gevolgd moet worden?

Dat weet evolutie dan ook niet, en er is geen wetenschapper die dat beweert. De patronen die wij zien nemen we achteraf waar; die patronen zijn niet de oorzaak van evolutionaire processen, maar het gevolg van die processen.

Je zou juist verwachten dat bij evolutie je verschillende patronen in DNA ziet bij verschillende levens vormen en dat deze niet volgens de lijn uit het bericht zou lopen.

Waarom? Leg eens uit waarom je dat verwacht?

Nee, het laat juist zien dat in de basis hetzelfde ontwerp is gebruikt en daar wordt variatie op toegepast.

Je taalgebruik is hier opnieuw onduidelijk. Wat is "de basis", wat precies is "hetzelfde ontwerp"? Wat is "variatie toepassen"? Wie of wat past die variatie toe?

Eukaryoten, waar Determinists artikel over gaat, zijn slechts 1 van 3 domeinen; de andere 2 zijn de archaea en de bacteria. Ieder van deze domeinen heeft unieke kenmerken, maar ze hebben ook overeenkomsten. En dit complexe patroon van overeenkomsten en verschillen is niet random, maar vertoont ook weer structuren (o.a. dat het een genestelde hiërarchie is die kan worden weergegeven m.b.v. een phylogenetische stamboom) waarvoor de evolutietheorie veruit de beste verklaring biedt.

En om dit nog sterker te maken heb ik een link naar een ander artikel uit dezelfde website die aangeeft dat het basis ontwerp er echt zit. Dat dieren al de functies hebben, maar waarbij deze nog niet zijn ingeschakeld.

Hoho, wacht eens even. Dat is helemaal niet wat het artikel zegt. Het artikel laat zien dat een genetische schakelaar die aanwezig is in vissen de ontwikkeling van ledematen in muizen kan beïnvloeden. Echter, en dat staat niet in het Sciencedaily artikel maar wel in het oorspronkelijke artikel (zit achter een paywall dus waarschijnlijk kun je er niet bij): deze schakelaar heeft wel degelijk een functie in vissen, namelijk het beïnvloeden van de ontwikkeling van vinnen. En daar ga jij de mist in: jij zegt dat die schakelaar in vissen geen functie heeft, maar dat klopt dus helemaal niet. Die schakelaar had wel degelijk een functie. Daarmee is dit onderzoek een goede bevestiging van wat we al uit het fossielenbestand wisten, namelijk dat tetrapoden zich uit vissen ontwikkeld hebben, en ledematen zich uit vinnen.

Waarom zou een vis bijvoorbeeld al de genen van poten hebben als vinnen genoeg zvijn?

Je moet het andersom zien. Vissen hebben niet de schakelaars om poten te maken terwijl ze zelf vinnen hebben, maar wij gebruiken de schakelaars van vissen om poten te maken. Poten zijn namelijk niets anders dan gemodificeerde vinnen.

Evolutie kijkt toch niet in de toekomst?

Dat doet het ook niet; hier geef je gewoon een verkeerde weergave van wat het artikel liet zien. Vissen hebben geen "poot-DNA", maar wij gebruiken nog steeds "vin-DNA" om poten te maken.*

Dat bijvoorbeeld vissen van te voren genen hebben om later poten te hebben? Dat is toch onzin?

Opnieuw een verkeerde weergave van zaken. De onderzochte schakelaar had een functie in vissen om de ontwikkeling van vinnen te reguleren, en diezelfde schakelaar blijkt in tetrapoden de ontwikkeling van poten te reguleren. En dat past goed in het beeld wat we al uit het fossielenbestand kenden, namelijk dat poten zich uit vinnen ontwikkeld hebben.

Nee, het laat duidelijk zien dat er een basis ontwerp zit, de genen voor poten zijn vooraf geprogrammeerd om later uit te laten komen. Daarom hebben vissen al dna voor poten zonder dat ze het nu gebruiken.

Nee dus. De onderzochte schakelaar had al een functie in vissen. Daarmee komt je hele argument van "vooraf geprogrammeerd" te vervallen.**

Ik hoop een en ander verduidelijkt te hebben!

*) Niet voor niets heeft een van de auteurs van het artikel, Neil Shubin, een populair-wetenschappelijk en zeer lezenswaardig boek over evolutie geschreven met de toepasselijke titel: "Your Inner Fish".
**) Trouwens, als jij van mening bent dat vissen geprogrammeerd waren om poten te krijgen zodat ze op land konden leven, waarom hebben ijsberen, die nu hard aan het uitsterven zijn door het smelten van zee-ijs, dan bijvoorbeeld niet ook een dergelijk programma zodat ze op land kunnen voortbestaan? Of de vissen in de (bijna) opgedroogde Aralzee? Die zouden ook wel gebaat zijn bij zo'n programmaatje. Waarom is dat daar niet ingeschakeld? Waarom alleen fossiele vissen?

EDIT: de plaatjes lijken niet te werken; heb daarom ook de links toegevoegd.

[CreationRules]

Hoi Dirk,

Wat ik bedoel met basis ontwerp is een beschrijving van een basis functionaliteit. Voorbeeld is de schakelaar om genen aan/uit te zetten (hoe je dat ook mag noemen). Blijkbaar is er een schakelaar om vinnen te maken en die is hetzelfde om poten te maken.

Inderdaad heb ik mijn eigen aangehaalde artikel niet goed gelezen. Het dna van vinnen en poten zijn niet hetzelfde, alleen de schakelaar om de ontwikkeling van vinnen of poten te starten/reguleren.

Maar die schakelaar was er dus wel, gebruikt bij zowel vinnen als poten. Dat is dus een basis functie. Ik zeg basis ontwerp, die "herbruikt" wordt bij verschillende andere ontwerpen (vinnen of poten).

Ik geloof wel in aanpassing van het basis ontwerp en aanpassing van de ontwerpen die daar weer gebruik van maken. Maar ik geloof niet dat het basis ontwerp zelf kan ontstaan. Als het er eenmaal is geloof ik wel dat het zich kan aanpassen. Maar een volledig nieuwe schakelaar om iets nieuws te maken, dat laat juist het artikel zien dat dit niet gebeurt. En als evolutie waar zou zijn, zou je zowel nieuwe als oude schakelaars moeten zien en die moeten dan in stapjes aangepast worden.
Het artikel laat zien dat er geen nieuwe schakelaar is voor vinnen en poten en dat die er dus altijd in gezeten heeft.

[Dirk]

Hoi CreationRules,

Er staan volgens mij een aantal dingen in je post die niet kloppen. Het probleem is echter dat je heel onduidelijke begrippen gebruikt (zoals ik ook al in mijn vorige post zei) die niet overeenkomen met begrippen zoals die in de biologie gebruikelijk zijn, en dat je ze volgens mij ook nog eens niet consequent gebruikt. Daardoor is het voor mij heel moeilijk om op je post te reageren. Om de discussie vooruit te helpen zou ik je dus willen vragen om de volgende begrippen te definiëren zodat ik in ieder geval precies weet wat je bedoelt. En om je op weg te helpen heb ik overal een paar vragen bijgezet die ik heb en die je kunnen helpen bij het opstellen van een definitie.

-"basisontwerp" (is een basisontwerp bijvoorbeeld een baramin, een soort, een genus of heel iets anders? wie of wat heeft het ontwerp gemaakt? wat is het verschil tussen een "basisontwerp" en "ontwerpen die daar weer gebruik van maken"?)*
-"basisfunctionaliteit" (zijn basisfunctionaliteiten bijvoorbeeld onveranderlijk? moeten ze in ieder organisme aanwezig zijn? etc.)
-"aanpassing" (m.a.w. welke processen zijn dat precies; waar ligt precies de grens tussen een aanpassing en "iets nieuws" waarvan je zegt dat het onmogelijk is? treden er mutaties op? treedt natuurlijke selectie op?)
-en nog eentje uit je vorige post: "variatie toepassen" (is dat hetzelfde als een aanpassing? wie of wat past de variatie toe?)

Dus niet alleen voorbeelden (ook al kun je die er wel bij geven; graag zelfs), maar een echte definitie op basis waarvan ik zelf bijvoorbeeld een "basisfunctionaliteit" van een "niet-basisfunctionaliteit" kan onderscheiden. Op die manier hoef ik niet steeds te raden wat je nu eigenlijk bedoelt (want dat moet ik nu namelijk wel), en dat discussieert een stuk makkelijker.

*) En als het een baramin is, wat is dan precies een baramin en hoe past die in het binnen de biologie gebruikelijke schema van soort, genus, familie etc.?